Po pożarze w 1806 r. został odbudowany według projektu wiedeńskiego nadwornego architekta J. I. Thalera. Wtedy kościół otrzymał nowe wnętrze wraz z ołtarzem głównym oraz dzisiejszy klasycystyczny charakter. Gruntowniejszy remont kościoła (m.in. wymiana pokrycia dachu) miał miejsce w l. 70. XX w. Mimo licznych przebudów kościół zachował swój romański plan, zachowały się również niektóre oryginalne fragmenty murów.
Z kościołem krytym gankiem połączony jest renesansowy dom z połowy XVI w. Należał on pierwotnie do rodziny Gerambów. Na urząd parafialny został zaadaptowany w latach 80. XVIII w. Z tego okresu pochodzi również jego późnobarokowy portal. Dawny budynek klasztorny ze względu na zły stan techniczny został rozebrany na początku XX w. Do naszych czasów dotrwał jedynie fragment muru traktu przylegającego do ulicy Akademickiej z gotyckimi otworami okiennymi.