W latach 80. XX w. pracownicy muzeum prowadziło badania archeologiczne w Siemiątkowie Koziebrodzkim. Gromadzono artefakty etnograficzne i socjoetnograficzne związane z kulturą społeczności wiejskiej na Mazowszu Północnym, przedmioty stanowiące kolekcję związaną z konwisarstwem europejskim, polskie rzemiosło artystyczne oraz malarstwo. Dbano o powiększanie księgozbioru muzealnego, stale borykając się z problemami lokalowymi. Stale powiększano dział historyczny, m.in. gromadzono dokumenty i fotografie związane z historią Ciechanowa i okolic. W ciechanowskim zamku udostępniono stałą ekspozycję broni białej i palnej z XIV–XVIII w. W 1983 r. Muzeum pozyskało pierwszy z budynków przy Placu Kościuszki i tym samym pomieszczenia biurowe oraz pierwszą powierzchnię wystawową poza zamkiem, którą zaczęto urządzać od 1991 r. W 1984 r. dyrektorem został Edward Lewandowski, a w 1992 r. zastąpiła go Hanna Długoszewska-Nadratowska, kierująca działem sztuki.
W 1994 roku muzeum ciechanowskie przejęło kompleks muzealny w Gołotczyźnie z dawnym dworem Aleksandry Bąkowskiej, willą "Krzewnia" oraz zabudowaniami gospodarskimi. Następnie przeprowadzono w nim kapitalny remont wszystkich obiektów. W 1998 r. w dworze Aleksandry Bąkowskiej otwarto ekspozycję wnętrz dworskich i galerię malarstwa.