Muzeum organizowało obozy etnograficzne, prowadząc badania nad drobną szlachtą pobożańską oraz w okolicach Ciechanowa, Przasnysza, Ostrołęki oraz Czernicach Borowych. W latach 90. XX w. muzeum wydawało publikacje muzealne i historyczne, nadal gromadząc artefakty dla wystaw własnych związanych z misją placówki. W 1997 r. na wniosek ówczesnej dyrektor, wojewoda ciechanowski przekazał dla muzeum budynek oficyny przy ul. Warszawskiej 61a (drugi budynek w pobliżu placu Kościuszki). Rok później placówka została przemianowana na Muzeum Szlachty Mazowieckiej.
W 2005 r. przystąpiono do prac projektowych zmierzających do rewitalizacji Zamku Książąt Mazowieckich w Ciechanowie. Celem projektu była ochrona dziedzictwa kulturowego, poprzez przekształcenie martwej ruiny Zamku w żyjący obiekt, który uczy, a także wpływa na rozwój turystyczny miasta i regionu.
W 2014 r. zakupiono i przeniesiono do parku w Gołotczyźnie dworek rodziny Rzeczkowskich ze wsi Mężenino-Węgłowice. W dworku urządzono ekspozycję multimedialną i interaktywną dotyczącej drobnej szlachty. W tym roku muzeum udostępniło także możliwość zwiedzania zamku w formacie wirtualnego spaceru. W 2022 r. dyrektorem muzeum został wyłoniony w drodze konkursu, historyk Robert Kołakowski.