W 2007 roku został szefem Sekcji Operacyjnej w Dowództwie 1 Dywizji Zmechanizowanej. W latach 2009–2012 dowodził 3 Zamojskim batalionem zmechanizowanym, a w 2010 roku wraz z batalionem brał udział w VI zmianie PKW w Afganistanie. W 2010 roku dowodził operacją „Szaszmir”, polegającą na odbiciu dystryktu Mokur. W wyniku wybuchu miny zginął jeden z jego żołnierzy, ppłk Fajkowski pozostał wówczas przy jego zwłokach i dalej dowodził walką. 10 listopada 2011 w Warszawie podczas obchodów Narodowego Święta Niepodległości minister obrony narodowej Tomasz Siemoniak wręczył mu jako dowódcy 3 batalionu zmechanizowanego w Zamościu Szablę Honorową Wojska Polskiego. 9 marca 2012 przekazał obowiązki dowódcy 3 Zamojskiego batalionu zmotoryzowanego. 5 kwietnia 2012 w stopniu podpułkownika został przedstawiony w 16 Dywizji Zmechanizowanej przez dowódcę gen. dyw. Janusza Bronowicza obejmując funkcję Szefa Wydziału Operacyjnego G-3 16 DZ. W 2014 ukończył studia podyplomowe na Akademii Obrony Narodowej i w tym samym roku rozpoczął służbę w Dowództwie Generalnym Rodzajów Sił Zbrojnych jako starszy specjalista, a następnie jako szef Oddziału Ćwiczeń.