Od 2016 do 2018 roku pełnił funkcję zastępcy dowódcy 1 Brygady Pancernej w Wesołej. W 2017 roku dowodził VI zmianą PKW Afganistan podczas operacji wojskowej Resolute Support. W 2018 roku został szefem szkolenia 16 Dywizji Zmechanizowanej. Decyzją ministra obrony narodowej Mariusza Błaszczaka z dnia 27 października 2021 roku został wyznaczony na stanowisko dowódcy 15 Brygady Zmechanizowanej. 26 listopada 2021 w Giżycku w obecności dowódcy 16 Pomorskiej Dywizji Zmechanizowanej gen. dyw. Krzysztofa Radomskiego przyjął obowiązki dowódcy 15 Brygady Zmechanizowanej od gen. bryg. Bogdana Rycerskiego.
15 sierpnia 2022 roku prezydent RP Andrzeja Duda mianował go na stopień generała brygady. 29 września 2023 roku został dowódcą 11 Dywizji Kawalerii Pancernej. 3 października 2023 roku Komitet wojskowy UE poparł nominację gen. Fajkowskiego na dowódcę unijnej misji szkolenia wojsk ukraińskich (EUMAM UKRAINE). 14 sierpnia 2024 Prezydent Rzeczypospolitej Polskiej, Zwierzchnik Sił Zbrojnych RP Andrzej Duda mianował go na stopnień generała dywizji. Z dniem 1 lipca 2026 został wyznaczony na stanowisko Inspektora Wojsk Lądowych DG RSZ.