Prezes Rady Ministrów może zdecydować czy samodzielnie będzie przewodził ich działalności czy za pośrednictwem Delegowanego organu ds. bezpieczeństwa republiki (wł. Autorità delegata per la sicurezza della repubblica). Premier Giuseppe Conte w trakcie pierwszej fazy pandemii COVID-19 wiosną 2020 roku bezpośrednio nadzorował pracę obu agencji.
Struktura Nadrzędną funkcję w działalności AISI pełni Dyrektor, mianowany przez Prezesa Rady Ministrów po uzyskaniu zgody ze strony CISR (Comitato interministeriale per la sicurezza della Repubblica, czyli Komitet międzyresortowy dla bezpieczeństwa Republiki). Kadencja jest czteroletnia z możliwością jednorazowego przedłużenia.
Do zadań Dyrektora AISI należy przede wszystkim regularne składanie raportów prezesowi Rady Ministrów o działalności Agencji. Oprócz tego raz do roku składa ogólny raport działalności AISI przed CISR. Ponadto jest członkiem najwyższego sztabu i zarządu administracji. W końcu, ponosi odpowiedzialność za organizację i działalność Agencji.
Dyrektorowi podlega jeden lub więcej wicedyrektorów, powoływanych i odwoływanych przez Prezesa Rady Ministrów na wniosek Dyrektora AISI.