Tworzyli kolegia jezuickie, spośród których dwa (w Wilnie i Lwowie) stały się podstawą nowych uniwersytetów: utworzonej w 1579 przez króla Stefana Batorego Akademii Wileńskiej i założonej w 1661 przez króla Jana II Kazimierza Akademii Lwowskiej.
Kontrreformacji przypisuje się także negatywne oddziaływanie na oświatę, w tym i panujący w XVII wieku kryzys w Akademii Krakowskiej. Wyrazem zdystansowania się od tych zjawisk było utworzenie w 1595 w Zamościu przez Jana Zamoyskiego Akademii Zamojskiej, półwyższej uczelni humanistycznej o profilu świeckim, kształcącej do służby publicznej.
Okres oświecenia Kluczową postacią dla rozwoju szkolnictwa polskiego w XVIII wieku był pijar ks. Stanisław Konarski. W założonym przez siebie w 1740 w Warszawie Collegium Nobilium wdrożył nowy program nauczania (filozofia nowożytna, języki nowożytne, przyrodoznawstwo, zreformowana łacina, język polski), w którym duży nacisk kładł na wychowanie obywatelskie. Zgodnie z tymi założeniami przeprowadził w latach 1753–1756 reformę szkół pijarskich oraz wpłynął na zmiany w szkołach jezuickich.