do 1994 roku partia utrzymywała bliskie relacje z Pakistanem. W 1986 roku Gulbuddin Hekmatjar spotkał się z Margaret Thatcher na Downing Street.
Na początku lat 90. Hekmatjar prowadził kilka obozów szkoleniowych i był zaangażowany w wysyłanie przeszkolonych najemników do innych krajów muzułmańskich. W 1996 roku udzielił również schronu Usamie ibn Ladinowi, który wówczas uciekł z Sudanu.
1992–2001 W 1993 roku na mocy umowy między Gulbuddinem Hekmatjarem a azerskim rządem, Partia Islamska zaangażowała się w Wojnę o Górski Karabach opowiadając się po stronie azerskiej; Fazal Hak Mudżahid zwerbował od 1500 do 2500 weteranów wojny afgańsko-radzieckiej do walki przeciwko siłom armeńskim i karabaskim.
We wrześniu 1996 roku po przejęciu władzy przez reprezentującego talibów Mohammada Omara, Partia Islamska została odsunięta od afgańskiego życia politycznego na około dekadę. Podczas toczącej się w latach 1992-1996 wojny domowej w Afganistanie działacze partyjni byli odpowiedzialni za bombardowania Kabulu w 1994 roku, w wyniku których zginęło ponad 25 tys. cywili.