Od 2001 Gulbuddin Hekmatjar sprzeciwiał się amerykańskiej interwencji w Afganistanie; wraz ze swoją partią sprzymierzył się z talibami i Al-Ka’idą w celu walki przeciwko władzy nowego prezydenta Afganistanu, Hamida Karzaja. Mimo to, w latach 2001-2006 jego partia nie była uznawana przez Departament Stanu Stanów Zjednoczonych za organizację terrorystyczną.
Pojawiły się doniesienia o starciach między politykami Partii Islamskiej a Talibami oraz o przejściu polityków partii na stronę afgańskiego rządu; najważniejsi działacze partyjni spotkali się w maju 2004 z prezydentem Afganistanu Hamidem Karzajem oraz odrzucili współpracę partii z Al-Ka’idą i talibami. Według ówczesnego przewodniczącego parlamentu, Sardara Rahmanoglu, w 2004 roku 150 działaczy partii Partii Islamskiej zadeklarowało poparcie dla Hamida Karzaja w wyborach prezydenckich; politycy tej partii piastowali wówczas 30-40% urzędów państwowych, uwzględniając również ministerstwa.
W 2006 roku Radio Wolna Europa poinformowało, że Gulbuddin Hekmatjar miał oświadczyć w arabskojęzycznej telewizji Al-Dżazira, że chce, by jego siły walczyły u boku Al-Ka’idy. Następnego roku miały być one aktywne w okolicach miast Dżalalabad i Mazar-i Szarif.