W 1989 roku objął drużynę piłkarską Robert Morris Colonials. Czterokrotnie (1992, 1994, 1995, 1996) zdobywał z drużyną mistrzostwo NEC w sezonie regularnym. Dwukrotnie (1993, 1994) zdobył mistrzostwo turniejowe NEC, kwalifikując drużynę do turnieju NCAA. W 1995 roku drużyna Colonials zajęła szesnaste miejsce w Stanach Zjednoczonych.
W 1989 roku był trenerem reprezentacji Stanów Zjednoczonych w futsalu. Zdobył z nią trzecie miejsce na mistrzostwach świata. Była to tym samym pierwsza amerykańska reprezentacja, która zdobyła medal w rozgrywkach FIFA. W 1991 roku Kowalski został tymczasowym trenerem reprezentacji Stanów Zjednoczonych, zastępując Boba Ganslera, zwolnionego po przegranej z Bermudami. Pod jego wodzą Stany Zjednoczone rozegrały dwa oficjalne mecze: z Kanadą (2:0) i Meksykiem (2:2), oba w ramach mistrzostw NAFC. Następnie został asystentem Borą Milutinoviciem, będąc odpowiedzialnym m.in. za wyszukiwanie zawodników. Do reprezentacji pozyskał takich graczy, jak Janusz Michallik i Alexi Lalas. Jeszcze w 1991 roku w funkcji asystenta zastąpił go Timo Liekoski.