W 1992 roku ponownie prowadził reprezentację Stanów Zjednoczonych w futsalu. Zdobył z nią srebrny medal podczas mistrzostw świata, przegrywając w finale 1:4 z Brazylią. W 1993 roku objął reprezentację Stanów Zjednoczonych U-20, w której występowali m.in. Clint Mathis, Jovan Kirovski, Chris Klein i John O’Brien. Funkcję tę pełnił do 1994 roku.
W listopadzie 1996 roku został szkoleniowcem Tampa Bay Mutiny, którego prezesem był Nick Sakiewicz. W sezonie 1997 prowadzony przez niego klub zajął drugie miejsce w Konferencji Wschodniej i zakwalifikował się do play-offów. Po zakończeniu sezonu z klubu odszedł Carlos Valderrama. Kowalski został zwolniony po piętnastu kolejkach sezonu 1998, jako że prowadzeni przez niego zawodnicy wygrali jedynie trzy razy. Ogółem prowadził Tampa Bay Mutiny w 51 meczach, wygrywając 21 z nich i przegrywając 30. W 1999 roku został trenerem nowo utworzonej drużyny Pittsburgh Riverhounds, występującej w A-League. W 2001 roku doprowadził zespół do play-offów. Rok później objął funkcję szkoleniowca drużyny kobiet Robert Morris Colonials. W 2008 roku otrzymał ofertę pracy z Polonii Warszawa, którą odrzucił. W 2020 roku przeszedł na emeryturę.