Postanowił jednak zrobić to w tajemnicy, która jednak szybko przestała być sekretem. Cesarz Franciszek Józef wprost zakomunikował synowi, że nie podoba mu się jego postępowanie i uczyni wszystko, aby nie dopuścić do jego rozwodu ze Stefanią. Rudolf miał opuścić komnatę ojca, mówiąc, że „już wie, co ma robić”. Ta rozmowa między cesarzem a następcą tronu odbyła się kilka dni przed tragedią.
Tragedia mały|Pałac myśliwski Mayerling, w którym doszło do tragedii 29 stycznia 1889 roku Maria Vetsera udała się do pałacyku myśliwskiego Mayerling. Ostatnie godziny spędziła na pisaniu listów pożegnalnych. W liście do swojej matki napisała: „wybacz mi to, co zrobiłam. Nie mogłam się oprzeć mojej miłości”.
30 stycznia lokaj Rudolfa, Loschek, poszedł do pokoju Rudolfa, żeby zawołać go na posiłek. Nie otrzymał jednak odpowiedzi. Towarzysz polowań Rudolfa, hrabia Joseph Hoyos, również prosił przyjaciela, aby otworzył drzwi, natomiast prośba została zignorowana. Ostatecznie zaniepokojony Hoyos wziął siekierę i wyłamał drzwi. W pokoju zobaczył Rudolfa, z którego ust spływała strużka krwi, a Maria Vetsera leżała na łóżku – była już zimna i sztywna. Do najważniejszych europejskich dworów wysłano natomiast informację mówiącą przyczyną śmierci był atak serca.