Po odzyskaniu przez Rzeczpospolitą niepodległości Bąkowska bardzo wierzyła w uchwaloną w roku 1920 ustawę o reformie rolnej oraz pracę państwowych komisji oświatowych. W porozumieniu ze Świętochowskim postanowiła przekazać placówki w ręce państwa polskiego. W akcie notarialnym zaznaczyła jednak swoją wolę, jaką było utrzymanie trzech placówek edukacyjnych: szkoły rolniczej, męskiej „Bratnie”, szkoły gospodarstwa domowego, żeńskiej w Gołotczyźnie i szkoły ogrodniczej, koedukacyjnej „Krzewnie” dożywotnio kierowanej przez Świętochowskiego.
Ostatnie lata życia Aleksandra Bąkowska w połowie roku 1924 uległa w domu wypadkowi i została przykuta do łóżka na dwa lata. W tym czasie utrzymywała korespondencyjny kontakt z rodziną i przyjaciółmi, dużo czytała i porządkowała swoje sprawy majątkowe, odmawiając przy tym wezwania lekarza. W 1925 roku przeniosła się do Warszawy, gdzie stan jej zdrowia pogorszył się. Wciąż rezonowały w niej wspomnienia wojny, niesprawiedliwość i ludzkie cierpienie. Jej ostatnim marzeniem było zbudowanie Domu i Kolonii dla Inwalidów Wojennych. W 1921 ofiarodawczyni przekazała pozostałe grunty na Gołotczyźnie Związkowi Inwalidów Wojennych w Ciechanowie.