Straż pałacowa w ramach zemsty morduje wszystkich złodziei w mieście, w tym przyjaciół Basima, za co ten obwinia za to Nehal i rozstaje się z nią w gniewie. Udaje mu się uciec z miasta z pomocą Roshan, która prowadzi go do fortecy ukrytych w Alamucie. Po latach szkolenia Basim zostaje przyjęty w szeregi bractwa. Po przejściu inicjacji wraz ze swoją mentorką otrzymuje misję udania się do Bagdadu, w którym starożytni zdobywają coraz większe wpływy.
W mieście dowiadują się, że zakon przeniknął do najwyższych struktur kalifatu, sam kalif jest jego marionetką, a członkowie kultu wykorzystują zasoby i mieszkańców miasta, żeby zdobyć artefakty Isu. Basim stopniowo odkrywa tożsamość kolejnych członków zakonu i eliminuje ich. Godzi się również z Nehal, która przekonuje go, żeby zainteresował się artefaktami, wierząc, że oboje są z nimi w jakiś sposób powiązani. Ostatecznie udaje mu się skonfrontować z przywódczynią zakonu, Qabihą, twierdzącą, że odpowiedzi na dręczące go pytania znajdzie w świątyni pod Alamutem. Próbuje przekonać go, żeby towarzyszył jej do świątyni, ale zostaje zabita przez Roshan, która zabrania Basimowi dalszych poszukiwań.