W 1923 wrócił do kraju i występował w sezonie 1923/24 w Teatrze Polskim w Warszawie, w sezonie 1924/25 w Teatrze im. Wojciecha Bogusławskiego w Warszawie, w 1925-27 w Teatrze Miejskim w Łodzi, w sezonie 1927/28 w Teatrze Miejskim w Lublinie. W sezonie 1929/30 prowadził teatr Rewia w Wilnie. W sezonie 1930/31 występował w Teatrze im. Stanisława Wyspiańskiego w Katowicach, w sezonie 1931/32 tamże w teatrze Rewia. W 1932 utworzył teatr dla dzieci Uśmiech Dziecka; do 1934 objechał z nim ponad trzysta miejscowości woj. krakowskiego, kieleckiego, lwowskiego. W 1934-39 występował w Teatrze Miejskim we Lwowie, w 1944-45 w tamtejszym Teatrze Polskim.
W sierpniu 1945 razem z zespołem lwowskim przeniósł się do Katowic, gdzie występował w Teatrze Śląskim im. Stanisława Wyspiańskiego w Katowicach do końca życia i tam 23 IX 1950 obchodził jubileusz pięćdziesięciolecia pracy grając rolę Hilarego (w sztuce autorstwa Andrzeja Wydrzyńskiego pt. "Salon pani Klementyny").
Pod koniec swej pracy zawodowej Zygmunt Wilczkowski występował m.in. w sztuce Leona Kruczkowskiego pt. "Śmierć Gubernatora" (sezon teatralny 1960/1961) oraz Bertolda Brechta "Matka Courage i jej dzieci" (sezon teatralny 1963/1964). We wrześniu 1964 - świętował sześćdziesięciopięciolecie pracy.