To właśnie w tych dzielnicach rozwinęła silne poczucie sprawiedliwości społecznej i potężny cel, by zaspokoić potrzeby tych, którzy znajdują się na społecznych peryferiach.

W latach 1962–1965 recenzowała dokumenty Soboru Watykańskiego II zachęcała do odnowy religijnej wśród sióstr poprzez studiowanie dokumentów. W 1967 zrezygnowała ze stanowiska przełożonej generalnej i kontynuowała swój apostolat w opiece nad chorymi pomimo własnej choroby i wysłała niektóre ze swoich sióstr do Rzymu na dalsze studia. Duque założył misjonarzy afro-kolumbijskich w dniu 15 sierpnia 1957 roku po tym, jak otrzymała szereg próśb od niektórych osób kolorowych z wybrzeża Kolumbii. Jej kadencja jako przełożonej generalnej doprowadziła do otwarcia domów w Ekwadorze i Peru, ale także przekroczyła granice międzynarodowe z domem otwartym w Hiszpanii. Instytut otrzymał papieski dekret pochwalny od papieża Piusa XII w dniu 25 marca 1958 roku.