Prokuratura wojskowa zamknęła śledztwo 14 stycznia 1952 r. i sporządziła akt oskarżenia. Ponownie został oskarżony o udział w likwidacji desantu i współpracę z Gestapo. Nowym zarzutem był udział w organizacji antykomunistycznej.
Rozpatrzeniem jego sprawy zajął się Wojskowy Sąd Rejonowy w Warszawie, który uznał, że sprawę należy przekazać do Poznania, gdyż tam przebywała większość świadków. Przed WSR w Poznaniu świadkowie odwołali swe zeznania jako wymuszone siłą, ponadto sąd nie był w stanie pozyskać z MBP dokumentacji, która mogła zawierać informacje o działalności Szmakfefer. Pomimo braku dowodów 9 lutego 1953 r. został skazany na karę podwójnego dożywocia. Wyrok został zatwierdzony przez Naczelny Sąd Wojskowy 13 marca 1953 r. Został osadzony w więzieniu we Wronkach.
Jego sprawę ponownie rozpatrzono w 1955 r. na wniosek Prezesa Najwyższego Sądu Wojskowego. 5 października 1955 r. zmniejszono mu wyrok do dwunastu lat więzienia, a dzięki amnestii skrócono do ośmiu. 2 maja 1956 r. kara została złagodzona do czterech lat i sześciu miesięcy, co równało się z wypuszczeniem Szmakfefera na wolność.
Powrócił do Złotego Stoku i złożył wniosek o rehabilitację.