został ponownie aresztowany, tym razem pod zarzutem szkodnictwa gospodarczego, zastrzeżenia władz komunistycznych budziły również jego kontakty z ambasadami Wielkiej Brytanii i USA, od których miał kupować samochody. Charakter podejrzeń zmienił się gwałtownie, kiedy UB pozyskała informacje o jego przedwojennej działalności. Jako były urzędnik państwowy był oskarżany o zwalczanie Komunistycznej Partii Polski. Śledczy nie weszli w posiadanie informacji na temat jego działalności podczas okupacji, dzięki temu został skazany jedynie na dwa i pół roku więzienia. Po zaliczeniu okresu aresztowania w poczet kary więzienie opuścił na początku 1950 r.
Po raz trzeci został aresztowany 3 czerwca 1950 r. Tym razem funkcjonariusze bezpieki już dysponowali pełnią wiedzy na temat jego działalności w strukturach AK. Szmakfefer w trakcie przesłuchań przyznał się do działalności konspiracyjnej, natomiast całkowicie wypierał się udziału w konspiracji antykomunistycznej. Na podstawie zebranych materiałów został obarczony odpowiedzialnością za likwidację desantu radzieckich spadochroniarzy oraz o współpracę z Gestapo mającą na celu zwalczanie komórek PPR i AL. Sąd Wojewódzki w Warszawie rozpatrywał jego sprawę w lipcu 1951 r., jednakże uznał, że charakter zarzutów sprawia iż sprawa powinna być rozpatrywana przez sąd wojskowy.