został aresztowany przez Gestapo, na skutek donosu konfidenta, razem z Władysławem Grodeckim, Janem Królem i Witoldem Rogowskim. Dzieci i dalszą rodzinę zmuszono, by obserwowali aresztowanie i przesłuchiwanie zatrzymanych, w tym zastrzelenie ukochanego psa myśliwskiego. Niemcy usiłowali zmusić Franciszka Janickiego i jego pracowników, aby się przyznali do działalności konspiracyjnej w AK. Stanowczo zaprzeczali, więc Niemcy poprowadzili ich pieszo do miejscowości Narty. Samochodem zostali przewiezieni do Fortu w Pomiechówku. Witold Rogowski (praktykant leśny) wrócił do domu jesienią 1943 r. Pozostałych Niemcy zamordowali w Forcie, w czerwcu 1943 r.
W czasie ekshumacji w Forcie w 1945 r. żona Franciszka Janickiego – Jadwiga nie odnalazła ciała męża. Córka, Jadwiga Teresa, znalazła wtedy w budynku koszar ostatnie słowa wyryte przez ich ojca na ścianie: „Jadziu, dbaj o dzieci”. Napis nie zachował się.
Był mężem Jadwigi z d. Grądzkiej, mieli dwoje dzieci: Jadwigę Teresę i Andrzeja. Mieszkał z rodziną w Zamczysku w Puszczy Kampinoskiej.