Po tajnych szkoleniach wojskowych, które przeszedł w sierpniu i wrześniu 1938, został harcmistrzem (marzec 1939) i komendantem V (terenowego) Hufca Harcerzy.
W noc wybuchu II wojny światowej Jan Ożdżyński pełnił dyżur w biurze Polskiej Rady Sportowej w gmachu Dyrekcji PKP w Gdańsku. W gmachu tym, oprócz biur ZHP i Polskiej Rady Sportowej, mieściła się też m.in. nielegalna strzelnica i magazyny. Obiekt ten, jako jeden z ważniejszych dla Polonii budynków w WMG, został wyznaczony do zajęcia siłą przez jednostki niemieckie. Akcją dowodził SS-Obersturmführer Kurt Eimann.
Nad ranem 1 września 1939 Niemcy, po wkroczeniu do budynku Dyrekcji Kolei, aresztowali dyżurujących tam Polaków. Jednak Jana Ożdżyńskiego na miejscu zastrzelono. Według jednej z relacji, Jan Ożdżyński, na odgłos strzelaniny, wybiegł na korytarz. Biegnąc, nie zdążył zatrzymać się przed napastnikami i od razu został zastrzelony. Przypuszcza się, że nie chciał poddać napastnikom i próbował się bronić. Prawdopodobnie został potajemnie pochowany na Cmentarzu Zaspa. Powszechnie uważa się, że był jedną z pierwszych ofiar wojny, zamordowanych przez Niemców w Gdańsku.