Kennedy (1917–1963) mianował go dyrektorem International Cooperation Administration (ICA), która została utworzona w celu koordynowania pozamilitarnych programów pomocy zagranicznej.

W latach 1962–1965 był ambasadorem w Atenach.

Zrezygnował ze stanowiska ambasadora w 1965 r. pod wpływem propozycji sekretarza generalnego ONZ, U Thanta, który powierzył mu stanowisko szefa Funduszu Narodów Zjednoczonych na rzecz Dzieci (UNICEF) w miejsce zmarłego Maurice’a Pate’a (1894–1965). O nominacji Labouisse’a szeroko pisała amerykańska prasa, głównie jednak opisując sylwetkę jego żony, Ewy Curie (1904–2007), która była jego doradczynią. Kierował UNICEF od 1965 do 1979 r.. Jego żona wspomagała go, pracując społecznie na rzecz organizacji i towarzysząc mu w licznych podróżach służbowych (do ponad stu krajów), których koszty Labouisse pokrywał z własnej kieszeni.

Razem z żoną odebrał w 1965 r. Pokojową Nagrodę Nobla, którą otrzymał UNICEF. Jego żona była nazywana w tym okresie Pierwszą Damą UNICEF-u. Podczas swojej dyrekcji Labouisse nadzorował działania pomocowe w przypadku kilku poważnych konfliktów i klęsk żywiołowych oraz walczył o złagodzenie złych warunków w krajach rozwijających się, m.in.