Najsilniejszy negatywny wpływ będzie miał miejsca na czterech obszarach specjalnej ochrony ptaków Natura 2000 (Ujście Wisły PLB20004, Dolina Dolnej Wisły PLB040003, Dolina Środkowej Wisły PLB140004, Dolina Tyśmienicy PLB060004) oraz ostoi ptaków (IBA) Dolina Dolnego Wieprza PL144 (oraz ostojach IBA na Wiśle, pokrywających się obszarowo z obszarami Natura 2000)Wilk T., Jujka M., Krogulec J., Chylarecki P. (red.) 2010. Ostoje ptaków o znaczeniu międzynarodowym w Polsce. OTOP, Marki.. Dla wielu gatunków obszary będące pod wpływem E40 są najważniejszymi lub jednymi z najważniejszych miejsc gniazdowania (Tabela 1.). Spośród gatunków ptaków gniazdujących w dolinie Wisły największy negatywny wpływ będzie dotyczył ptaków gniazdujących w korycie rzeki na piaszczystych wyspach oraz w skarpach: sieweczki obrożnej (EN), sieweczki rzecznej, ostrygojada (VU), brodźca piskliwego, mewy siwej (VU), mewy czarnogłowej (EN), mewy białogłowej, rybitwy czubatej (CR), rybitwy rzecznej, rybitwy białoczelnej (VU), brzegówki, zimorodka, ohara (VU), nurogęsia. Spadek liczebności niektórych gatunków będzie dotyczył ponad połowy polskiej populacji, a wiele z wymienionych gatunków znajduje się na Czerwonej liście ptaków PolskiWilk T., Chodkiewicz T., Sikora A., Chylarecki P., Kuczyński L. 2020. Czerwona lista ptaków Polski. OTOP, Marki..