Z kolei libertynizm zaczął oznaczać w większym stopniu cynizm, swobodę obyczajową i seksualną.
Wolność myśli stała się częścią dyskursu związanego z fundamentalnymi prawami podmiotowymi. Jej koncepcja była rozwijana przez filozofów liberalnych. Wolność myśli pełni ważną rolę we wpływowej pracy Johna Stuarta Milla O wolności (1859), gdzie określana jest jako sfera „wolności myśli i uczucia, absolutnej swobody opinii i osądu” jako należącą do sfery wewnętrznej świadomości, która dotyczy bezpośrednio tylko jego samego i społeczeństwo nie może w nią wkraczać.
Stała się jedną z podstawowych wolności jednostki, włączanych w deklaracje polityczne, konstytucje i akty prawa międzynarodowego. W aktach tych zaczęto traktować wolność myśli łącznie, wraz z wolnościami sumienia i religii albo też z wolnościami słowa i prasy. Jest też najczęściej analizowana z nimi łącznie, nie stanowiąc osobnej podstawy w skargach o naruszenie praw konstytucyjnych czy praw człowieka. Utrata znaczenia samodzielnie traktowanej „wolności słowa” wynika z trudności w stwierdzeniu, w jaki sposób państwo czy inne podmioty miałyby ingerować w sferę wewnętrznych myśli jednostki. W 1942 r. Sąd Najwyższy Stanów Zjednoczonych wyraził tę wątpliwość w następujący sposób: „Wolność myśli jest absolutna z samej swojej natury.