Baret w 1764 zaszła w ciążę. Francuskie prawo wymagało wówczas od kobiet, które miały pozamałżeńskie dzieci, przedstawienia „świadectwa ciąży”, w którym mogły podać nazwisko ojca dziecka. Zachowało się świadectwo Baret z sierpnia 1764 złożone w mieście oddalonym o 30 km. Świadkami byli dwaj zamożni mężczyźni. Baret odmówiła podania imienia ojca dziecka. Historycy nie mają wątpliwości, że był nim Commerson.
Wkrótce potem Baret i Commerson przeprowadzili się do Paryża, gdzie nadal Jeanne pełniła rolę gospodyni. W tym okresie Baret zmieniła nazwisko na „Jeanne de Bonnefoy”. Jej dziecko, urodzone w grudniu 1764, otrzymało imię Jean-Pierre Baret i zostało oddane do paryskiego szpitala Foundlings. Trafiło do zastępczej rodziny, ale zmarło latem 1765.
W 1765 Commerson został zaproszony do wzięcia udziału w wyprawie Bougainville'a. Ze względu na problemy zdrowotne miał wątpliwości, czy jechać. Baret często pełniła rolę jego pielęgniarki. Na statek mógł zabrać sługę. Kobiety jednak nie miały prawa wejść na statek marynarki francuskiej. Pojawił się pomysł, aby Baret przebrała się za mężczyznę, aby towarzyszyć Commersonowi.