W lutym 1918 Stefan Biskupski uczestniczy w wypędzaniu bolszewików z Mińska, obsadzając z grupą harcerzy i polskich żołnierzy dworzec wileński w Mińsku, następnie utrzymując go do chwili wkroczenia Niemców. Został wtedy formalnie członkiem I Korpusu Polskiego. Po zawarciu porozumienia dowództwa Korpusu z Niemcami, Stefan Biskupski zostaje przydzielony do przedstawicielstwa Polskiej Siły Zbrojnej, jako oficer łącznikowy. Zajmował się w tym czasie skrytym wywożeniem sprzętu wojskowego i transportów żołnierzy I Korpusu z Bobrujska.
Rozbrajanie Niemców na terenie Podlasia Po rozbrojeniu Korpusu w sierpniu 1918 wraca do majątku Miecze, na terenach pod okupacją niemiecką. Tworzy tajną organizację młodzieży wiejskiej i milicję powiatową. W listopadzie 1918 Stefan Biskupski, jako komendant milicji, bierze udział w rozbrajaniu Niemców. Zostaje aresztowany, a następnie uwolniony przez połączone siły P.O.W. i milicji powiatowej. Oddział niemiecki i członkowie lokalnej administracji wojskowej zostali rozbrojeni, a przysłany niemiecki oddział interwencyjny odparty. Ochotnicy ze wsi Miecze uniemożliwili w tym czasie wywiezienie przez Niemców urządzeń tartaku parowego pobliskiego leśnictwa, taboru kolejki i zapasów drewna.