mały|Wyprawa Humboldta i Bonplanda do Ameryki Poznawszy w Paryżu Alexandra Humboldta, zgodził się dołączyć do niego w trwającej pięć lat podróży do Ameryki. Wyprawa ta obejmowała tereny Ameryki Południowej, Środkowej i Stany Zjednoczone. Podczas niej Humboldt i Bonpland zebrali okazy ok. 6000 gatunków roślin, spośród których ok. 2000 do tego czasu było nieznane w Europie. Wyniki odkryć i badań botanicznych będących efektem wyprawy Bonpland publikował następnie od 1808 do 1816 w serii tomów, zatytułowanej Plantes equinoxiales.
Po powrocie do Francji, dzięki wstawiennictwu Humboldta, otrzymał od Napoleona stypendium w wysokości 3000 franków rocznie w ramach wdzięczności za liczne okazy roślin, które przekazał Muzeum Historii Naturalnej. Cieszył się sympatią cesarzowej Józefiny, która mianowała go naczelnikiem ogrodów w Malmaison. W 1813 roku opublikował . W tym okresie poznał Gay-Lussaca, Arago i innych wybitnych naukowców. Starał się o powrót do Ameryki Południowej.