Kiedy cesarzowa Józefina zmarła w 1814, Bonpland przestał być kierownikiem ogrodu w Malmaison. Wyjechał do Londynu, gdzie nawiązał kontakt z rewolucjonistami Simona Bolivara szukającymi pomocy w walkach przeciw Hiszpanom. W 1816 został zatrudniony jako profesor historii naturalnej w Buenos Aires. Do jego zadań w Argentynie miało też należeć zaszczepienie nowoczesnych, europejskich metod rolnictwa. Bonpland przywiózł ze sobą z Europy i introdukował wiele roślin wcześniej w Ameryce nieznanych.
Po pewnym czasie porzucił stanowisko, aby zająć się badaniami przyrody Ameryki Południowej. W 1820 osiadł w osadzie Santa Ana w pobliżu rzeki Paraná, gdzie zajmował się m.in. uprawą i sprzedażą yerba mate. Kolonia znajdowała się na terytorium spornym, do którego prawa rościły sobie tak Paragwaj, jak i Argentyna; ponadto dyktator Paragwaju, Gaspar Rodriguez de Francia, miał żywić obiekcje co do działalności botanika: obawiał się argentyńskiej konkurencji na rynku yerba mate (reprint z 1962 w: George Sarton on the History of Science).. W grudniu 1821 oddział 400 paragwajskich żołnierzy splądrował farmę Bonplanda, a sam botanik został aresztowany jako szpieg i pozbawiony wolności;