Informacje o diecie trogona czarnogardłego są bardzo skąpe. Dieta składa się z owoców i owadów. Sporadycznie widywany jest przy rojach mrówek wojowniczych. Długość pokolenia jest określana na 4,01 roku.
Rozmnażanie Okres lęgowy różni się w zależności od obszaru występowania. I tak ptaki w kondycji lęgowej obserwowano w lutym–maju w Kolumbii, w marcu w Wenezueli, w październiku w Gujanie Francuskiej, w maju w Brazylii. Gniazda znajdują się w płytkiej dziupli bądź szczelinie w częściowo spróchniałych pniach lub gałęziach drzew, na wysokości od 0,75 do 6 m nad poziomem gruntu. Gniazda są bardzo płytkie, bez wyściółki. W lęgu 2 białe jaja. Okres inkubacji trwa 18–19 dni. Pisklęta przebywają w gnieździe przez 14–15 dni od wyklucia.
Status W Czerwonej księdze gatunków zagrożonych IUCN trogon czarnogardły jest klasyfikowany jako gatunek najmniejszej troski (LC – Least Concern); stosuje ona jednak, jak wyżej wspomniano, stare, szersze ujęcie systematyczne (sprzed podziału gatunku). W 2022 roku organizacja Partners in Flight szacowała liczebność populacji na 0,5–5 mln dorosłych osobników. Gatunek opisywany jest jako niepospolity i rozmieszczony plamowo.