Historia muzeum mały|lewo|Jaszczurka w bursztynie bałtyckim Muzeum Inkluzji w Bursztynie zostało powołane 1 czerwca 1998 jako pracownia w ramach Katedry Zoologii Bezkręgowców (wówczas w strukturach Wydziału Biologii, Oceanografii i Geografii UG), jego pierwsze zbiory zaś stanowiła kolekcja prof. Ryszarda Szadziewskiego, ówczesnego dyrektora pracowni. Ofiarowana przez niego kolekcja liczyła 58 kawałków bursztynu bałtyckiego i 5 dominikańskiego, zawierających łącznie 133 inkluzje roślinne i zwierzęce. Początkowo przeznaczeniem kolekcji były cele badawcze.
Najpierw od 2008 zbiory muzeum eksponowane były w Gdyni, przy ul. Piłsudskiego 46, w jednym z budynków należących do ówczesnego Wydziału Biologii, Geografii i Oceanografii. Zwiedzanie możliwe było po dokonaniu rezerwacji telefonicznej.
W 2013 została otwarta stała ekspozycja pt. „Życie w lesie bursztynowym”.
Wystawa W 2013 na pierwszym piętrze Wydziału Biologii przy ul. Wita Stwosza 59 została otwarta stała ekspozycja o powierzchni 50 m² pt. „Życie w lesie bursztynowym”. Głównym jej elementem jest diorama, prezentująca fragment bursztynowego lasu i pokazująca historię bursztynu.