Bardzo rzadko dochodzi do przedawkowania. Obserwowano wtedy objawy żołądkowo-jelitowe i osłabienie. Leczenie jest objawowe, nie ma swoistego antidotum. Hemodializa nie przyspiesza eliminacji leku z organizmu.
Stosowanie leków z grupy IPP nie wiąże się ze zwiększonym ryzykiem raka żołądka czy raka jelita grubego (jako ewentualny skutek przewlekłej hipergastrynemii). Nie zaobserwowano również zaburzeń wchłaniania żelaza i innych pierwiastków śladowych podczas stosowania IPP, natomiast u chorych z zespołem Zollingera-Elisona może dochodzić do utrudnionego wchłaniania witaminy B12.
Interakcje Leki z tej grupy mogą modyfikować działanie innych preparatów głównie z powodu wpływu na ich metabolizm (poprzez unieczynnianie enzymów z grupy cytochromu P450) oraz zmianę ich wchłaniania (zmiana pH soku żołądkowego). Lekiem najbardziej powodującym interakcję jest omeprazol, a stosunkowo najmniej wywołuje ich pantoprazol (nie stwierdzono interakcji pantoprazolu z lekami metabolizowanymi przez cytochrom P450).