Zwiększenie stężenia w surowicy leków metabolizowanych przez CYP2C19 dotyczy zwłaszcza diazepamu, fenytoiny, karbamazepiny, digoksyny, citalopramu, imipraminy czy klomipraminy. Stosowanie lanzoprazolu czy omeprazolu może zwiększać średnią ekspozycję na takrolimus. Konieczne może być zmniejszenie dawek lub monitorowanie stężenia leków w surowicy.
Istnieją doniesienia o możliwości zwiększenia stężenia nifedypiny czy związanej z białkiem witaminy B12 przy jednoczesnym stosowaniu omeprazolu. Związek ten nie ma jednak prawdopodobnie znaczenie klinicznego. Możliwe są również interakcje omeprazolu z disulfiramem czy metotreksatem.
Wchłanianie niektórych leków przeciwbakteryjnych może ulec zwiększeniu na skutek podwyższenia pH soku żołądkowego. Z analogicznego powodu ketokonazol czy itrakonazol gorzej się wchłaniają – potrzebują kwaśnego środowiska. Lanzoprazol może powodować zmniejszenie stężenia teofiliny w surowicy. IPP nie należy jednocześnie stosować z atanazawirem.
U chorych przyjmujących doustne leki przeciwkrzepliwe będące pochodnymi kumaryny (warfaryna, fenprokumon) istnieje zwiększone ryzyko krwawienia.