Ocieplający się stosunek państwa do organizacji religijnych wraz z początkiem wojny nie oznaczał, że zrezygnowało ono ze swojego strategicznego celu niszczenia religii, ale ze względu na potrzebę konsolidacji społeczeństwa na jakiś czas zaprzestali tego typu działalności. Polityka religijna państwa sowieckiego pod rządami Chruszczowa charakteryzowała się prześladowaniami wyznawców islamu. Zaostrzenie przejawiało się w tajnym dekrecie z 1961 r. „O wzmocnieniu kontroli nad wykonywaniem ustawy o kultach”, który domagał się natychmiastowego przywrócenia pełnej mocy ustawie z 1929 r. Pomimo jednak presji ateistycznej i represji muzułmanie w Kazachstanie, zwłaszcza na terenach wiejskich, nadal odprawiali muzułmańskie rytuały i obchodzili święta religijne.