Meczety uzyskały pewną niezależność finansową w wyniku masowego zbierania datków od ludności. Dopiero w kwietniu 1929 r. Wszechrosyjski Centralny Komitet Wykonawczy i Rada Komisarzy Ludowych RFSRR wydały dekret „O związkach wyznaniowych”, który stał się od tego czasu głównym aktem prawnym dotyczącym polityki religijnej. Ograniczał on działalność duchownych do murów kościołów, klasztorów, domów modlitwy, meczetów i synagog, a także regulował życie religijne w ZSRR. Głównymi metodami walki z organizacjami religijnymi były konfiskaty budynków świątyń oraz pozbawienie wspólnot i związków wyznaniowych możliwości rejestracji państwowej, czy zamknięcie placówek oświatowych i wydawnictw religijnych. Pierwsze represje wobec przedstawicieli duchowieństwa muzułmańskiego i wiernych rozpoczęły się w 1932 roku. Jednak pomimo nacisków, represji i zniszczenia znacznej części duchowieństwa, religia nadal odgrywała ważną rolę w życiu społeczeństwa. W czasie wojny i powojennego stalinizmu, czyli do 1954 r., w kraju nastąpiło względne złagodzenie napięć między władzą a islamem. W Kazachstanie nie doszło do otwarcia odrębnej administracji duchownej, ale pozycja islamu w republice wzrosła.