Przewidując możliwość akcji niemieckiej, w nocy z 28 na 29 sierpnia nakazano podniesienie zwodzonych mostów prowadzących do portu w celu jej utrudnienia.
Przebieg operacji thumb|Zatopione okręty podwodne i okręt-baza „Henrik Gerner” thumb|Zatopiony w Kopenhadze trałowiec „Søhunden” thumb|Trałowiec MS 1 po ucieczce do Szwecji thumb|Trałowiec „Havørnen” osadzony na brzegu Niemcy przystąpili do rozbrajania oddziałów duńskich 29 sierpnia przed 4. rano. O godzinie 4:08 dowództwo floty poleciło przekazać okrętom stacjonującym w głównej bazie Holmen w Kopenhadze sygnał do samozatopienia. W ucieczce z portu przeszkadzał silny deszcz utrudniający manewrowanie, a także kontrolowanie wyjścia z portu przez Niemców. Od godziny 4:12 przez pół godziny duńskie okręty w Holmen były topione za pomocą przygotowanych ładunków wybuchowych, a niektóre podpalane. Zatopiono 26 okrętów, w tym największy z nich pancernik obrony wybrzeża „Peder Skram”; torpedowce: „Sælen”, „Makrelen”, „Nordkaperen”, „Hvalrossen”; okręty podwodne: „Rota”„Bellona”, „Flora”, „Daphne”, „Dryaden”, „Havfruen”, „Havmanden”, „Havkalen”, „Havhesten”; trałowce: „Søbjørnen”, „Søhunden”, „Søulven”, MS 4, MS 8;