11 listopada 1939 do urzędów konsularnych rozesłano okólnik nr 14, zgodnie z którym konsulowie portugalscy musieli otrzymać zgodę centrali przed każdorazowym wydaniem wizy osobom o nieustalonej lub spornej narodowości, apatrydom, obywatelom rosyjskim, posiadaczom paszportów nansenowskich oraz Żydom wydalonym ze swoich państw.
Jako konsul generalny w Bordeaux, Sousa Mendes szybko zaczął ignorować wytyczne reżimu António Salazara jako nieludzkie i rasistowskie. Pierwszą wizę wydał 28 listopada 1939 austriackiemu profesorowi Arnoldowi Wiznitzerowi, pozbawionemu obywatelstwa na podstawie ustaw norymberskich, a drugą 1 marca 1940 hiszpańskiemu republikaninowi i przeciwnikowi rządów Franco, Neirowi Laporte. W obu przypadkach Sousa Mendes dopiero po wystawieniu wiz wystąpił do Lizbony o ich zatwierdzenie. Otrzymał za to pisemną reprymendę i ostrzeżenie, że kolejne przekroczenie lub naruszenie będzie traktowane jako nieposłuszeństwo i poskutkuje postępowaniem dyscyplinarnym. Sousa Mendes wydawał także wizy osobom negatywnie zaopiniowanym przez centralę (np. rodzinie Ertagów, Flaksbaumów i Landesmanów w maju 1940).