W latach 1956–1959 przeprowadzono w Toruniu prace konserwatorskie, które ponowiono, uzupełniając niektóre brakujące elementy w latach 1992–1995. M.in. zrekonstruowano figurę św. Grzegorza oraz koronę Madonny. Zdołano ustalić, że fragment sceny Bożego Narodzenia znajduje się w Ostpreussisches Landesmuseum w Lüneburgu w Niemczech.
W 2003 roku odnalezione zostały figury dwóch apostołów. Były w bardzo złym stanie. Zabezpieczono i wzmocniono strukturę drewna, zrekonstruowano podstawy oraz głowy, naniesiono polichromie i złocenia. Odtworzono figurę jednego z aniołów z części centralnej. Prace nadzorował Witold Konratiuk. Kolejne prace przeprowadzono w latach 2019–2020 w pracowni Aleksandry i Edgara Pillów. Pracom konserwatorskim poddane zostały sceny Zwiastowania, Pokłonu Trzech Króli oraz figury Madonny i Dzieciątka. W 2021 zrekonstruowano sceny Nawiedzenia i Bożego Narodzenia, zas w 2022 zrekonstruowano scenę Ofiarowania w świątyni. Wsparcia finansowego udzieliło Ministerstwo Kultury i Dziedzictwa Narodowego.