Piotr w wieku niecałych czterech lat stracił ojca. Na tron wstąpił Fiodor III, zgodnie z wolą Aleksego I. Rodzina Naryszkinów próbowała podważyć testament zmarłego, lecz Miłosławscy (ród matki Fiodora) byli silniejsi i lepiej zorganizowani. Carycę-wdowę wraz z Piotrem zesłano do klasztoru w Preobrażenskoje.
Wkrótce został odebrany spod opieki kobiet i oddany w męskie ręce. Jego opiekunem został bojarzyn Rodion Streszniew wraz z przydanymi mu do pomocy szlachcicem dumskim Tichonem Streszniewem oraz stolnikiem Timofiejem Juszkowem.
Nie zachowały się wiarygodne informacje o pierwszych nauczycielach przyszłego cara. Wiadomo, że naukę rozpoczął pod koniec 1679 roku. Wśród pierwszych nauczycieli był zapewne Nikita Zotow, człowiek sprytny, lecz o ograniczonych horyzontach umysłowych. Wiadomo, że nauka trwała niemal cały dzień. Zotow do południa uczył cara zasad wiary i alfabetu, zaś popołudniami uczył arytmetyki i historii. Z czasem car miał styczność z nauczycielami, którzy byli światłymi ludźmi, jak np. Symeonem Połockim.