Lenin planował włączenie młodego redaktora w prace kolegium redakcyjnego pisma, będąc przekonanym, że Trocki poprze jego i Julija Martowa w narastającym sporze ideowym z Gieorgijem Plechanowem. Plechanow nie zgodził się jednak na nadanie Trockiemu statusu stałego członka kolegium, a jedynie umożliwił mu uczestnictwo w jego pracach z głosem doradczym. Kiedy doszło do przeniesienia redakcji "Iskier" do Genewy, sam również przeniósł się do tego miasta. Jako członek redakcji "Iskier", Trocki współorganizował II kongres Socjaldemokratycznej Partii Robotniczej Rosji w Londynie. Uczestniczył w dyskusji pomiędzy zwolennikami pozycji politycznej "Iskier" a „ekonomistami”, a następnie w dyskusji o pozycji Bundu w rosyjskim ruchu socjalistycznym. Trocki w debatach na ogół jednoznacznie popierał Lenina. Nieoczekiwanie jednak w czasie dyskusji nad regulaminem partyjnym Trocki poparł Martowa i grupę działaczy, która opowiadała się za mniej sformalizowanym regulaminem partyjnym i mniejszymi wymaganiami wobec członków. Komentując później swoje zachowanie w czasie zjazdu, Trocki twierdził, że pragnął przeciwstawić się budowie monolitycznej partii, która szybko mogłaby stracić wszelką wewnętrzną demokrację. Po rozłamie z Leninem przez pewien czas mieszkał w Monachium.