Warstwa wewnętrzna ma grubość około 1 mm i również składa się z przeplatanych strzępek. Ma czerwonawy lub żółtawy kolor, po osiągnięciu dojrzałości staje się wyraźnie marmurkowa. Gleba z pojedynczą jamą, początkowo pustą, później wypełnioną strzępkami workotwórczymi, a po osiągnięciu dojrzałości sproszkowaną masą czarno-brązowych zarodników. Strzępki workotwórcze widoczne są jako cienkie i delikatne białe, luźno utkane żyłki wychodzące z boków jamy do jej środka. Worki kuliste, szeroko elipsoidalne lub nieregularne, 30–60 μm, cienkościenne, 2-, 3-, 5-zarodnikowe. Askospory kuliste (8–)10–20(–26) μm średnicy, początkowo szkliste, żółtawo-brązowe, w miarę dojrzewania przechodzące w ciemnobrązowe do czarniawych i prawie nieprzezroczystych w świetle przechodzącym. Dojrzałe są grubościenne, pokryte blisko rozmieszczonymi tępymi kolcami lub pręcikami o wysokości 2–3 μm, nieregularnie ułożone w bloki i zmienne w wyglądzie. Gatunki podobne Jeleniak myszaty występuje na tych samych terytoriach co jeleniak sarni (Elaphomyces granulatus). Owocniki obu gatunków są podobne, ale jeleniak myszaty różni się od jeleniaka sarniego marmurkowatym perydium, mniejszymi zarodnikami i mniejszą liczbą zarodników w workach (2–6).