Jeleniak szorstki (Elaphomyces asperulus) również jest podobny, ale odróżnia się barwą perydium; na przekroju poprzecznym ma odcienie purpurowe, podczas gdy u jeleniaka myszatego jest białe.
Występowanie i siedlisko Podano występowanie jeleniaka myszatego na wszystkich kontynentach poza Afryką i Antarktydą. Najwięcej stanowisk podano w Europie, również w Polsce notowany jest na licznych stanowiskach. Obok jeleniaka sarniego (Elaphomyces granulatus) jest to jeden z najczęściej w Europie występujących gatunków jeleniaków. Aktualne stanowiska jeleniaka myszatego podaje internetowy atlas grzybów. Znajduje się w nim na liście gatunków zagrożonych i wartych objęcia ochroną.
Grzyb podziemny ektomykoryzowy. Rośnie w lasach liściastych, zwłaszcza bukowych. Jego znalezienie jest trudne, gdyż owocniki rozwijają się na głębokości kilku cm pod powierzchnią ziemi. Ułatwia je maczużnik nasięźrzałowy (Tolypocladium ophioglossoides). Jest to pasożytujący na jego owocnikach grzyb, który tworzy ponad powierzchnią kilkucentymetrowej wysokości podkładki.