W 2017 Lei et al. opublikowali analizę filogenetyczną, w której zbadano mtDNA 26 gatunków lepilemurów, potwierdzając monofiletyzm 25 linii i wykrywając klad Lepilemur mittermeieri + Lepilemur dorsalis. W efekcie uzyskano następujące drzewo, na którym lepilemur pustelniczy stanowi grupę siostrzaną kladu tworzonego przez lepilemura nakrapianego (L. hollandorum) i brązowego (L. seali) (uproszczono):
Tryb życia Zwierzę prowadzi samotny, nocny tryb życia. Sypia prawdopodobnie w dziuplach drzew. Jego rozrodu nie poznano. Wedle Schwitzera et al. (2013) w ogóle nie był badany w naturze. Zagęszczenie wynosi 25,2 osobników/km² w okolicy Ambodiforaha wedle badań z 2017 i 33 na km² wedle starszych badań z 1988.
Rozmieszczenie geograficzne Lepilemur pustelniczy, jak wszyscy przedstawiciele jego rodziny, jest endemitem Madagaskaru. Posiada ograniczony zasięg występowania. Obserwowano go jedynie na północnym wschodzie wyspy, w Parku Narodowym Masoala. Wyznaczenie północnej i wschodniej granicy zasięgu gatunku wymaga dalszych badań. IUCN szacuje powierzchnię zasięgu na 2544 km².