Ekologia Siedliskiem lepilemura pustelniczego są nizinne lasy deszczowe i litoralne, zwłaszcza lasy obfite w Garcinia commersonii. Spotyka się go też w lasach częściowo zniszczonych działalnością człowieka, lecz nie tak obficie. Schwitzer et al. nie dysponują szczegółowymi danymi na temat pożywienia konsumowanego przez gatunek, prawdopodobnie jest on liściożerny, podobnie jak i inne lepilemury, być może polega w znacznej mierze na Dalbergia.

Zagrożenia i ochrona Całkowita liczebność gatunku nie jest znana, wiadomo jednak, że się obniża.

Pierwszą ocenę statusu gatunku podjęła w lipcu 2012 IUCN/SSC Lemur Red-Listing Workshop, proponując status gatunku zagrożonego wyginięciem. 2 lata później status ten przyjęto w IUCN. Zachowano go w ponownej ocenie z 2018 opublikowanej w 2020. Jako uzasadnienie IUCN podaje zasięg 2544 km², jego pofragmentowanie i postępujące niszczenie siedlisk, a także spadek liczebności dorosłej populacji.