W Lęborku Stanisław Sterkowicz osiadł na dłużej – do 1963 r. Został ordynatorem, a później dyrektorem szpitala powiatowego.
Od 1975 r. związał się z Włocławkiem. W 1978 r. został etatowym docentem w Zespole Nauczania Klinicznego we włocławskiej filii Akademii Medycznej w ŁodziS. Sterkowicz, Zagubiony na polskich drogach : półwiecze pracy lekarza, Włocławek 2020, s. 163-166.. Od 1980 r. pracował Szpitalu Wojewódzkim we Włocławku jako ordynator I Oddziału Chorób Wewnętrznych, a następnie twórca i ordynator Oddziału Kardiologii.
W 1978 r. otrzymał kolejny stopień naukowy - doktora habilitowanego - za pracę pod tytułem „Eksperymenty medyczne w obozach koncentracyjnych III Rzeszy”.
1979 znalazł się wśród członków założycieli Włocławskiego Towarzystwa Naukowego, którego został członkiem honorowym.
W latach 1981–2007 był pomysłodawcą i głównym organizatorem dwudziestu siedmiu odbywających się corocznie ogólnopolskich konferencji poświęconych problematyce chorób układu krążenia. Prelegentami i moderatorami konferencji byli najwybitniejsi polscy kardiolodzy i kardiochirurdzy, m.in. profesorowie: Zbigniew Religa, Jan Moll, Maria Krzemińska-Pakuła, Marian Zembala. Wszystkie referaty i doniesienia zostały opublikowane w 27 tomach materiałów konferencyjnych lub pokonferencyjnych.
W 1986 r. przeszedł na emeryturę.