Ucieczka jak z czasów powstań husyckich miała miejsce z początkiem wojny trzydziestoletniej, tj. w roku 1618 – tym razem w klasztorze pozostał jednak opat i paru innych zakonników, podczas gdy ich reszta na czele z przeorem schroniła się w cysterskich klasztorach austriackich. W opactwie naprzemiennie stacjonowały wojska obydwu stron. Walki toczyły się aż do najazdu Szwedów w roku 1648, którzy wtargnęli do klasztoru rabując tuzin koni, chcąc przy tym pojmać opata Wendschuha, któremu udało się jednak uciec do LinzO bezpośrednich działaniach wojennych nie wspomina się w części historycznej na stronie klasztoru.. Natomiast w latach 1621–1623 trwał okres spokojniejszy na tyle, że zakonnicy zaczęli powracać do klasztoru. Pewne niebezpieczeństwo niosła ze sobą śmierć pierwszego opata czasu wojny, tj. Pawła III – obawiano się wówczas, aby żołnierze dowiedziawszy się o zgonie przełożonego, nie zrabowali opactwa;