z pomocą do klasztoru przybył wtedy opat z Wilhering. Wojna przyniosła znaczne szkody majątkom klasztornym i ich mieszkańcom. W jej trakcie mają miejsce: plądrowania, w tym masowe kradzieże bydła, podpalenia, prześladowania miejscowej ludności, ponadto klasztor jest zmuszany do różnych płatności. W roku 1620 opat Gangolph Scheidinger skarży się w liście do cesarskiego generała na złe traktowanie ludności Hořic przez hetmana, cztery lata później opis okrutnego działania innego, kieruje do bawarskiego sędziego.
Trzydziestego kwietnia 1691 r. uznane zostało prawo opatów do zasiadania w czeskim sejmie krajowym, o które starali się od ponad sześćdziesięciu lat. Od śmierci ostatniego Rożemberka trwał wieloletni spór klasztoru z Eggenbergami, wynikający z jego włączenia do majątku Krumlov. Opaci podejmowali starania w celu uniezależnienia się, w poszczególnych kwestiach odwoływali się do arcybiskupa Pragi lub do cesarza. Do uniezależnienia tego doszło dopiero w roku 1822.
W dobie baroku klasztor otrzymał elementy nowego wystroju, nie doszło jednak do gruntownej przebudowy na modłę nowego stylu. W drugiej połowie XVII wieku w klasztorze zostały napisane istotne prace teologiczne, zaś pod koniec stulecia wspólnota Altovadum liczyła 58 zakonników, w związku z czym potrzebna była jego rozbudowa.
XVIII – XX w.