co noc na każdym statku ustawiano trzech obserwatorów.
26 września flotylla zatrzymała się na Wyspach Kanaryjskich celem uzupełnienia zapasów. 13 grudnia stanęła na kotwicy w pobliżu dzisiejszego Rio de Janeiro, gdzie ponownie uzupełniono zapasy. Następnie pożeglowano wzdłuż wybrzeża Ameryki Południowej, zatrzymując się 8 stycznia 1520 roku przy Río de la Plata. Gdy wyprawa szukała przejścia na morza leżące po drugiej stronie lądu amerykańskiego, u wybrzeży Argentyny została zaskoczona nadejściem zimy. Zimę odkrywcy spędzili w Patagonii.
Dalsza podróż została podjęta dopiero 24 sierpnia. 28 listopada 1520 roku trzy statki wypłynęły na południowy Pacyfik. Dwa statki: „Santiago” i „San Antonio” zostały w międzyczasie utracone. Od tej chwili największym statkiem był „Trinidad”. Magellan nazwał te wody „Mar Pacifico” (Morze Spokojne) z racji jego spokojnych przez cały pierwszy etap podróży wód. 15 marca 1521 roku żeglarzom ukazały się góry wyspy Samar (wschodnia część archipelagu filipińskiego). Magellan nie widział nigdzie dogodnego miejsca do przybicia, zmienił kurs na południe. 18 marca osiągnięto wyspę Homodon i zatrzymano się tu na cały tydzień.