7 kwietnia 1521 roku żeglarze dotarli do wyspy Cebu, gdzie Magellan zarządził dłuższy postój.
Wyprawa powrotna 27 kwietnia, po śmierci Magellana kapitanem nad całą flotyllą został Duarte Barbosa, szwagier Magellana. Cieszył się on tą godnością zaledwie trzy dni. Zginął podczas masakry 1 maja 1521 roku. Następnym kapitanem został João Carvalho. Pozostałe przy życiu załogi statków były zbyt nieliczne, aby obsadzić wszystkie trzy statki, dlatego podjęto decyzję spalenia statku „Concepcion” i odtąd tylko dwa statki kontynuowały podróż: „Victoria” i „Trinidad”. Oba, 8 listopada 1521 roku, dotarły do wyspy Tidore, w archipelagu Moluków, gdzie spędzono miesiąc na uzupełnianiu zapasów żywności. W połowie grudnia, oba statki próbowały odpłynąć, ale oderwana kotwica spowodowała poważne uszkodzenia w statku „Trinidad” i ten zaczął przeciekać. Obawiano się, że gdyby całą załogę „Trinidad” zabrano na „Victorię”, to wszyscy umrą z głodu, zanim zdołają dotrzeć do Hiszpanii. Uzgodniono więc, że tylko „Victoria” odpłynie do Hiszpanii, natomiast „Trinidad” zostanie do czasu ukończenia wymaganych napraw.