Po upadku powstania (2 X 1944) został wzięty do niewoli niemieckiej i wraz z innymi powstańcami trafił do kolumny marszowej skierowanej do obozu przejściowego w Ożarowie, a stamtąd 8 października 1944 r. został przewieziony do obozu jenieckiego w Łambinowicach (Stalag VIII B) koło Opola, gdzie otrzymał numer jeniecki 101705 VIIII F. 18 października 1944 r. wywieziono go do obozu jenieckiego w Bornem Sulinowie (Oflag II D Gross Born), a następnie do Stalagu X B w Sandbostel koło Bremy, w którym doczekał się wyzwolenia przez wojska brytyjskie w kwietniu 1945 r.
29 września 1945 r. Komisja Weryfikacyjna Żołnierzy Armii Krajowej na terenie anglosaskiej okupacji w Niemczech wydała zaświadczenie, że Teodor Pajewski został zweryfikowany w stopniu podporucznika rezerwy i oznaczony numerem weryfikacyjnym 9216. Dokument podpisał zastępca przewodniczącego kapitan Antoni Baranowski. 18 lutego 1946 r. Pajewski zadeklarował że służył w 1. Baonie Ochrony Freren Emsland, w tak zwanej polskiej strefie okupacyjnej. Pomimo poczynionych przygotowań do powrotu do Polski nie stawił się na punkt przerzutowy. W 1948 r. zawarł związek małżeński z Evelin Smart i zamieszkał w Anglii. 15 maja 1967 r.