Kariera trenerska Ignaz Berndaner jeszcze w trakcie kariery sportowej rozpoczął karierę trenerską. W 1992 roku został grającym koordynatorem młodzieży oraz asystentem trenera Joachima Ziesche w SC Riessersee. Po zajęciu przedostatniego, 11. miejsca w sezonie 1992/1993 powodującego spadek do Oberligi, Berndaner przejął stanowisko trenera klubu, którego prowadził w sezonie 1993/1994. W latach 1994–1998 trenował ERC Ingolstadt, natomiast w latach 1998–2000 trenował TSV Peißenberg.
W latach 2000–2002 był selekcjonerem kobiecej reprezentacji Niemiec. 15 marca 2002 roku został trenerem Eisbären RegensburgIgnaz Berndaner neuer Trainer der Regensburger Eisbären [data dostępu: 2002-03-15] , jednak po kilku miesiącach został zastąpiony przez swojego kolegę z reprezentacji RFN, Ericha Kühnhackla. Następnie trenował kluby Bayernligi: TSV Peißenberg (2004–2005), EA Schongau (2005–2006), Wanderers Germering (2006–2008) oraz ERC Sonthofen 1999 (2008–2009).
W latach 2010–2015 trenował kobiecą drużynę SC Garmisch-Partenkirchen.
Sukcesy Zawodnicze SC Riessersee Mistrzostwo Niemiec: 1978, 1981 Wicemistrzostwo Niemiec: 1979 3. miejsce w Bundeslidze: 1980 3.