W 1992 nastąpiła reorganizacja struktur ZHP. Chorągiew Elbląska, w której znajdował się Hufiec Braniewo, została rozwiązana. Hufiec Braniewo powrócił do Chorągwi Warmińsko-Mazurskiej w Olsztynie (w której był wcześniej do 1975 roku). lewo|mały|Siedziba Hufca od 1996 roku (w suterenie szkoły) Po przemianach ustrojowych roku '89 Hufiec utracił również swoją wieloletnią siedzibę w Braniewie – średniowieczną basztę – którą wyremontował i która odtąd była nazywana – Basztą Harcerską. Stało się tak na skutek roszczeń Kościoła katolickiego do utraconego po II wojnie światowej majątku (obiekt ten w 1888 roku zakupił klasztor sióstr katarzynek za kwotę 3000 marekLutterberg A. – Zur Baugeschichte der Altstadt Braunsberg – ZGAE, XIX, 1916, s. 676). Komisja Majątkowa, nie biorąc pod uwagę nakładów harcerzy na remont i utrzymanie w dobrym stanie obiektu, orzekła o jego zwrocie zgromadzeniu katarzynek. Spotkało się to z bardzo niechętnym przyjęciem przez członków ZHP. Pierwsza decyzja o przekazaniu obiektu zapadła już w roku 1991. Na mocy ugody zawartej z Komisją Majątkową harcerze uzyskali jeszcze prawo do 3-letniej dzierżawy baszty. W 1994 na prośbę burmistrza Tadeusza Kopacza katarzynki zgodziły się na przedłużenie umowy do końca pierwszego półrocza 1996 roku.